Monimuotoisuus viittaa suoliston mikrobiomissa esiintyvien bakteerilajien moninaisuuteen. Korkeampi mikrobiinimonimuotoisuus liittyy yleisesti parempaan ruoansulatusterveyteen, immuunitoimintaan ja vastustuskykyyn taudinaiheuttajia vastaan. Matala monimuotoisuus puolestaan saattaa olla yhteydessä tulehdukseen, heikkoon ravinteiden imeytymiseen ja erilaisiin kroonisiin sairauksiin.